ولد نظير جيد روفائيل بقرية سلام بمنفلوط والتحق بجامعة فؤاد الأول (جامعة القاهرة) وتحديدا كلية الآداب بقسم التاريخ، حيث درس التاريخ الإسلامي والفرعوني ثم التحق بعدها بالكلية الآكليريكية وعمل بها مدرسا للتاريخ ودرس في الوقت نفسه دروسا في اللاهوت القبطي، فكان يدرس صباحا ويدرس مساءً.
في منتصف الأربعينيات أصبح نظير خادما بكنيسة الأنبا أنطونيوس في شبرا ليكون ذلك بداية طريقه في العمل الديني ليرسم في عام 1954 راهبا تحت اسم أنطونيوس السرياني، ثم سكرتيرا للبابا كيرلس عام 1959 لينخرط لـ 6 سنوات كاملة من حياة الرهبنة في مغارة قريبة من دير مكرسا، ليستحق بعدها لقب قس عاش في هذا الدير 10 سنوات كاملة دون أن يبرحه، ثم يعين أسقفا للمعاهد الدينية والتربية الكنسية في عام 1962.
وبعد وفاة البابا كيرلس عام 1971 أصبح نظير جيد هو البابا الجديد، حيث تم ترسيمه في 14 نوفمبر 1971 بالكاتدرائية المرقسية الكبرى.
على المستوى السياسي فقد عاش البابا شنودة فترة عصيبة مع الرئيس الراحل أنور السادات بسبب رعايته للتيار الإسلامي في البداية، وهو ما تزامن مع تصاعد الفتنة بين الأقباط وبين المسلمين في الصعيد، فساد اعتقاد بأن هناك رغبة في تغذية هذه الفتنة وقد رفض البابا طلب السادات بتهدئة الأقباط الثائرين فضلا عن رفضه التطبيع مع إسرائيل فأمر السادات البابا أن يتوقف عن دروسه الأسبوعية فرفض البابا بدوره وصعدالمواجهة بأن رفض الاحتفال بالعيد في الكنيسة أو استقبال موفدين الدولة، وأعلن بوجود اضطهاد للأقباط في مصر فأمر الرئيس السادات بتحديد إقامته في دير وادي النطرون.
علاقة البابا شنودة بالرئيس السابق حسني مبارك كانت أفضل حالا من نظيرتها مع الرئيس السادات، وقد يعتبر البعض أن الكنيسة الأرثوذكسية قد تبنت وجهة النظر الرسمية طوال فترة حكم الرئيس السابق، حتى أن الكنيسة دعت الأقباط يوم 24 يناير بعدم المشاركة في تظاهرات يوم 25 يناير.
وللبابا شنودة دور كبير في نشر المذهب الأرثوذكسي خارج مصر فكان أول من بنى معابد للطائفة خارج مصر، حيث أسس كنائس قبطية أرثوذكسية في إفريقيا وتحديدا كينيا وزيمبابوي وجنوب إفريقيا بل ورسم كهنة أفارقة وبريطانيين وفرنسيين، كما أنشأ مجمعا مقدسا للكنيسة الأرثوذكسية في إريتريا، كما أسس فروعا للكلية الآكليريكية في أمريكا وأستراليا فضلا عن أسقفيات إنجلترا وأمريكا.
والبابا شنودة متخصص في علم اللاهوت حيث حصل على 4 دكتوراة في علم اللاهوت، كما أنشأ مجلة للكنيسة أسبوعية ويسمح للنساء بالمشاركة فيها، وكان عضوا بنقابة الصحفيين وشارك بالكتابة في جريدة الأهرام اليومية.
وفيما يتعلق بعلاقته بالأديان والطوائف الأخرى، فقد أرسى البابا لفكرة حفلات الإفطار الرمضانية التي كانت تقيمها الكنيسة كل عام، فضلا عن توقيعه لاتفاقيات مشتركة مع طوائف الكاثوليك والأرثوذكس والكنيسة الأنجليكانية، وفي عهده تمت سيامة أكثر من 100 أسقف وأسقف عام” بما في ذلك أول أسقف للشباب، أكثر من 400 كاهن وعدد غير محدود من الشمامسة في القاهرة والإسكندرية وكنائس المهجر.
وتأتي وفاة البابا لتضع كلمة النهاية في شريط حياته الكنسية والسياسية والعامة، ليصبح البابا رقم 117 في انتظار اختيار الخليفة الجديد للبابا رقم 118 في واحدة من أقدم الكنائس في العالم ألا وهي الكنيسة الأرثوذكسية بالإسكندرية.